Sur un ilot perdu dans les mers du sud,se trouve la Duel Academia, une école stricte où l'on forme l'élite de la nouvelle génération des dueliste. Notre héros, Judaï, devra faire ses preuves pour ne pas risquer de se faire exclure de l'académie. Il se fait remarquer en battant le cards professor, qui se charge des admissions. Pourtant, la route est encore longue et le challenge difficile, car Judaï va devoir progresser et prouver son courage et sa détermination sans faille pour améliorer son niveau et prouver à tous qu'il est un duel sur lequel il faut compter!
